Фонди бібліотеки на сьогодні становлять більше трьох з половиною мільйонів книг, 120 тисяч з яких — унікальні стародруки і рукописи, найстаріший з яких датований ХІІІ століттям. Фонди поділяються на сім структурних груп:
- Фонд рукописних, стародрукованих та рідкісних видань
- Фонд періодичних видань
- Фонд науково-бібліографічного відділу
- Фонд книгозберігання
- Фонд навчальної літератури
- Резервно-обмінний фонд
У бібліотеці зберігаються численні унікальні видання й манускрипти. Зокрема у фондах бібліотеки є книжки з особистої бібліотеки французького кардинала Мазаріні, французького короля Людовіка XV, польського короля Сигізмунда ІІ, гетьмана Івана Мазепи.
У кінці XVIII століття наукова бібліотека університету була єдиним державним депозитарієм документів Речі Посполитої, тож з ліквідацією державних і церковних установ документи і книги передавали саме сюди. У той час до книгозбірні потрапили стародруки із 147-ми ліквідованих монастирів, зокрема й зі Скита Манявського.
Від 1807 року бібліотека отримувала обов’язковий примірник періодичних та наукових видань, які з’являлися на території держави. Це правило діяло до 1939 року. Тому фонд періодики в цій бібліотеці є найбільшим в Україні.
Протягом австрійського періоду в історії Львова бібліотека комплектувалася надходженнями із території всієї Австро-Угорщини.